Dalam rangka mendorong pengelolaan Akfar Yamasi sebagai perguruan tinggi yang profesional maka disusunlah dokumen tata pamong dan tata kelola serta kerjasama. Struktur organisasi Akademi Farmasi Yamasi tertuang Surat Keputusan Yayasan nomor SK.02-YMS-2020. Tentang Pengangkatan Dalam Jabatan Struktural Akademi Farmasi Yamasi Makassar. Struktur organisasi Akademi Farmasi Yamasi ditunjukkan dalam bagan berikut
